Hablar a ciencia cierta del origen de la imagen de la Virgen de la Candelaria de Puno es perderse en una trama muy frágil hecha de leyendas y tradiciones orales transmitidas de generación en generación.

Los españoles cuando llegaron, quisieron imponer "por la Cruz o la espada" su cultura y su religión a un pueblo que poseía sus propias referencias culturales y sociales. Los misioneros católicos impusieron el catolicismo y el culto a la Virgen Maria en todo los territorios conquistados. Al inicio los nativos puneños muy enraizados en su religión autóctona rindiendo homenaje a la Pacha Mama, la Madre Tierra, fingieron adoptar el nuevo culto siguiendo sus propios rituales asimilando la imagen de la Virgen Maria a la de la Pacha Mama.

Con el transcurrir de los años estas prácticas llegaron a un verdadero sincretismo religioso que se vive a diario en el Altiplano Andino.

Varias son las leyendas que quieren hacer surgir milagrosamente a la imagen de la Virgen de las aguas del legendario Lago Titikaka, queriendo seguramente darle así a la Virgen un origen similar a la de los míticos Incas fundadores Manco Cápac y Mama Occlo. Una de estas leyendas hace aparecer al la imagen de la Virgen de la Candelaria en "el antiguo acodadero de las balsas después de una noche de tormenta en que los relámpagos habían destejido el cielo del lago" en el transcurso del siglo XVII.

Otras leyendas quieren relacionar a la imagen de la Virgen con la vida de los mineros.

Hay que recordar que en sus orígenes Puno era principalmente un asentamiento minero con las minas de Laykakota y la fundición de plata de los hermanos Salcedo en San Luis de Alba ubicadas en las faldas Oeste del Cerro Cancharani, también recordar que, en época de la Colonia, del Cerro Azoguini se extraía en gran cantidad el precioso mercurio quien dio su nombre al cerro (el antiguo nombre del mercurio era "azogue").

En esas leyendas también la imagen de la Virgen aparece milagrosamente en Puno, tal es el caso de lo que cuenta Dionisio Quispe donde "la Virgen con el rostro de una Señora elegante serenísima y con un niño en los brazo" apareció en el siglo XVII a un nativo de la zona quien por orden de su amo cuidaba un pequeño caserío ubicado a las riberas de un riachuelo en las faldas del Cerrito Huajasapata. En esos tiempos los españoles sancionaban drásticamente a los nativos que no cumplían con sus trabajos en las minas, así que el hombre se encontraba entre el dilema de obedecer a su amo cuidando el terreno o de obtemperar a las ordenes de los Españoles. La Virgen le pidió el permiso de poder lavar las ropas de su hijo en el rio a cambio de cuidarle el predio hasta su regreso. Cuando regresó con su amo, quien no creía en esta historia, encontraron "el busto de la Virgen, toda vestida de blanco, con un niño en los brazos y sus ropitas aún mojadas".

Estas historias y leyendas tienen el propósito de enraizar la personalidad bondadosa de la Virgen María en la propia cultura altiplánica asimilándola con el principio mismo de la Pacha Mama. En la actualidad todos los puneños cuando hablan de la Virgen la llaman cariñosamente "Mamita Candelaria".

El primer escrito por ahora conocido, y que habla de la imagen de la Virgen de la Candelaria sería, según Ignacio Frisancho, una escritura de arrendamiento firmada en 1707 por el Licenciado Phelipe de Valdés quien declara "Otorgo que arriendo y doy en arrendamiento al señor marques de villa rica de salcedo es a saber las dichas casas de vivienda que fueron del dicho don silvestre de valdes (…) y se incluyen (…) en la recamara una cuja dorada dos tabernáculos dorados con sus imágenes en bulto en el uno de la de un crucifijo y en el otro de una señora de la candelaria…".

Esta podría haber sido la actual imagen de la Virgen de la Candelaria del Templo San Juan ya que es de pequeña talla y que sólo posee la cabeza, las manos y el niño Jesús hecho de porcelana, las demás partes del cuerpo son de madera no trabajada y de alambres de fierro. Definitivamente esta imagen no fue destinada a ocupar el altar mayor de un templo colonial, sino podría haber sido ofrecida a los nativos para una capilla o un templo menor. Pero por los grandes milagros que le atribuyeron, el pueblo de Puno la convirtió en su digna patrona.

Tupac Amaru

El milagro más importante y que justificó el reconocimiento de los puneños a la Virgen fue sin duda alguna el que ocurrió en 1781. En la sublevación de Túpac Amaru II, la ciudad de Puno (que se llamaba Villa de Nuestra Señora de la Concepción y san Carlos de Puno) al mando del Corregidor don Joaquin de Orellana resistió a los dos primeros asaltos de los miles de indios rebeldes tupacamaristas del 10 de Marzo y 10 de Abril. Entre el 7 y el 12 de mayo las tropas rebeldes de Túpac Amaru, al mando de Pedro Vilcapaza y Tupac Katari, lograron, en un tercer intento, avanzar hasta las primeras casas de la pequeña ciudad pero se retiraron por las orillas del Lago para preparar su último y definitivo ataque.

Los habitantes de Puno estaban completamente agotados y a punto de rendirse, en un ultimo recurso desesperado, los mestizos e indígenas puneños decidieron al anochecer sacar a la imagen de la Virgen en procesión para salvarlos. Lo hicieron, como siempre acompañando la imagen de grupos de Sicuris y corneteros seguidos por todo el pueblo de Puno con velas encendidas. Al observar desde los cerros vecinos esta ruidosa agitación, los rebeldes percibieron en ésa la manifestación de un importante ejercito listo a combatir por mucho tiempo más. Al día siguiente los agotados puneños tuvieron la suerte de constatar que durante la noche los rebeldes se habían definitivamente retirado.

Los habitantes de la ciudad lacustre consideraron el hecho como un verdadero milagro de la Virgen y desde entonces los púnenos empezaron a venerar cada vez más a la humilde imagen de la Virgen de la Candelaria que poco a poco se convirtió en la verdadera patrona de Puno, minimizando así el culto impuesto por los Españoles hacia Nuestra Señora de la Concepción.